Duszniki Zdrój zajmują dolinę rzeki Bystrzycy Dusznickiej z jej dopływami: Podgórną i Jastrzębnikiem z Bramecką Wodą. Duszniki graniczą od wschodu i północy z Gminą Szczytna, a od północnego-zachodu z Gminą Lewin Kłodzki. Natomiast zachodnia i południowa granica miasta biegnąca powierzchnią szczytową Gór Orlickich stanowi zarazem granicę państwową z Republiką Czeską. W granicach administracyjnych gminy zawarte są wyodrębnione przestrzennie, wyizolowane kompleksami leśnymi, zespoły zabudowy o zróżnicowanej strukturze funkcjonalnej, a mianowicie: miasto, uzdrowisko, Podgórze, Graniczna, Zieleniec, Kozia Hala, Jamrozowa Polana i Wapienniki.
Miasto obejmuje całość kompleksu mieszkaniowego Dusznik z zapleczem usługowo-przemysłowym, skupionego wokół zabytkowej dzielnicy śródmiejskiej. Uzdrowisko tworzy zespół zabudowy sanatoryjno-wypoczynkowo-usługowej, położonej na południe od miasta. Kompleksy leśne o charakterze parkowym, które otaczają je wokół, stwarzają korzystną izolację od zabudowy części miejskiej i Podgórza.
Zabudowa śródmieścia i "dzielnicy" uzdrowiskowej obejmuje zbocza górskie i wypełnia dolinę Bystrzycy Dusznickiej i jej dopływów. Płaskie dno doliny rzeki, szerokie w części północnej, zwęża się w obrębie dzielnicy uzdrowiskowej, przechodząc dalej na południu w odcinek przełomowy. Krajobraz naturalny tej części miasta ma charakter podgórski, choć deniwelacje terenu są tu duże. Zbocza dolin przechodzą w strome, kopulaste wzgórza, których kulminacje osiągają 560 - 775 m n.p.m. (Wzgórze Rozalii - 560 m, Ceglana Góra - 611 m, Miejska Góra - 607 m, Ptasia Góra - 745 m, Ołtarz - 650 m, Stołek 761 m, Koniuch - 775 m). Odmienny górski charakter krajobrazu dominuje na całości obszaru gminy powyżej uzdrowiska. Jest to obszar o szczególnych walorach krajobrazowych. Zalesione pasmo Gór Orlickich tworzy wyrównaną powierzchnię szczytową wzdłuż granicy państwa, ponad którą górują szczyty przekraczające wysokość względną 1000 m n.p.m. (Serlich - 1025 m, Zielony Garb - 1026 m, Orlica 1084 m). Poniżej w rejonie Zieleńca, Podgórza i Granicznej doliny górskich dopływów Bystrzycy Dusznickiej dzielą powierzchnię stokową gór na pojedyncze grzbiety (Przyjacielska Kopa - 737 m, Sołtysia Kopa - 895 m, Mylna -879 m, Borsuk - 843 m, Chybna - 775 m, Gajowa - 701 m, Jeleń - 801 m).